V případě projektu PAMIRe se jednalo o migrační procesy v horninovém prostředí hlubinného úložiště radioaktivních odpadů. Řešení tohoto projektu napomohla i účast zahraničních expertů v rámci projektu Fond partnerství (Ministerstvo financí ČR).

Hlavní náplní projektu bylo tedy posoudit možnost implementovat výstupy laboratorního studia transportních procesů stopovačů do reálných podmínek granitických hornin (experiment in situ) a do modelů, vyhodnocujících difúzi radionuklidů do horniny. Současně byly sestaveny pracovní a metodické postupy, které měly umožnit přenos informace o vlastnostech hornin a procesech v nich probíhajících z mikroměřítka do reálného měřítka. Pro dosažení uvedených cílů byly vytvořeny závazné metodiky týkající se využití speciálních stopovačů (radionuklidů) či moderních analytických metod.

V Podzemní laboratoři Josef byla upravena v granitických horninách 80 m dlouhá rozrážka , která se využívala jak pro migrační laboratoř, tak i pro další  in situ výzkum vyžadující zvláštní bezpečnostní režim. Od běžného provozu ve štole byla tato rozrážka izolována dvojitou stavební bezpečnostní příčkou. V rozrážce bylo vybudováno osvětlení, rozvody elektřiny, systém nuceného větrání a částečně vybetonována počva.