Na obrázku dole (zdroj: virtual museum) je znázorněn příklad mikrostruktury bentonitu. Tetraedrové a oktaedrové sítě jsou spojeny do vrstviček molekul (v tomto případě O^2-, OH^-, Al³⁺, Si⁴⁺, Mg²⁺), které jsou odděleny prostorem (mezivrstevním), kde se nachází výměnné kationty (v tomto případě Na⁺), které jsou nositelem základních vlastností těchto zemin.

Podle schopnosti bobtnání (resp. podle výměnného kationtu) lze bentonity rozdělit do dvou hlavních skupin:
Silně bobtnavé Na-bentonity: tzn. převládající výměnný kationt je Na⁺  tzv. bentonity wyomingského typu, největší známá ložiska se nacházejí v USA, v ČR se nevyskytuje.
Méně bobtnavé bentonity: převládající výměnný kationt je K⁺, Ca²⁺ a Mg²⁺. Ložisek těchto typů či jejich kombinací je na světě mnoho, pro vylepšení jejich vlastností je možné je aktivovat (obohatit sodíkem).